Jak wynika z raportów, które dotyczą bezpieczeństwa zdrowotnego jaj i ich jakości handlowej jajka z polskich ferm są bardzo dobrej jakości. Raporty publikowane są przez takie instytucje jak Inspekcja Weterynaryjna, Inspekcja Sanitarna, Inspekcja Handlowa oraz Inspekcja Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych.
Znaczne efekty przyniosły prowadzone programy mające na cele eliminację zakażeń Salmonellą, w 2013 roku odsetek zakażeń, w stadach kur nieśnych, spadł do poziomu 2,4%, co przy wyniku rzędu 50% w latach 2004-2005 jest różnicą kolosalną. Skutki wprowadzenia programów są widoczne również w zmniejszeniu liczby zachorować wywołanych Salmonellą, w 2013 roku Państwowy Zakład Higieny zanotował 7 407 takich przypadków, co w porównaniu do 2012 roku daje ponad 12% spadek.
W ramach Krajowego Programu Badań Kontrolnych Pozostałości Chemicznych, Biologicznych i Leków wykonano w 2013 roku 282 kontrole urzędowo pobranych próbek. W żadnej z nich nie stwierdzono pozostałości antybiotyków.
